В 1С:Предприятии 8.1 сохранение настроек открытого окна (размеры и расположение) осуществляется в момент, когда окно закрывается.
При перезапуске 1С:Предприятия из Конфигуратора, сначала отдается команда 1С:Предприятию с просьбой завершить свою работу. Если 1С:Предприятие имеет возможность обработать эту команду (не открыт, например, модально диалог операционной системы открытия файла и т.п.), профайл со всеми данными сохраняется, и 1С:Предприятие завершает свою работу. При этом в сохраненный профайл попадают настройки только тех окон, которые на момент его сохранения уже были закрыты: сохранение настроек открытых окон в профайл при этом не попадут.
Если 1С:Предприятие не может обработать команду от Конфигуратора с просьбой о закрытии, по истечении небольшого интервала времени Конфигуратор закрывает 1С:Предприятие средствами операционной системы Windows: Предприятие снимается как процесс в рамках операционной системы и в этом случае сохранения профайла не происходит. Соответственно, в этой ситуации не будут сохраняться настройки не только открытых окон, но и окон, которые уже были закрыты на момент снятия 1С:Предприятия как процесса средствами операционной системы.